YZF-R125 là mẫu xe được phân phối ở một số thị trường nhất định, nơi có quy định cụ thể về việc sử dụng phương tiện giao thông. Thị trường chính của mẫu xe này là các nước thuộc Liên minh châu Âu, nơi áp dụng giấy phép lái xe loại A1 – quy định dung tích động cơ không vượt quá 125cc và công suất tối đa không quá 12 mã lực (kW). Tuy nhiên, tại thị trường Nhật Bản, có thêm những yêu cầu khác: YZF-R125 nằm trong nhóm xe dành cho người mới có bằng lái loại 2, và công suất động cơ được giảm so với phiên bản châu Âu.
Động cơ của YZF-R125 2025 vừa được trình làng tại Nhật Bản vẫn sử dụng khối động cơ xy lanh đơn dung tích 125cc, loại SOHC, làm mát bằng dung dịch, tỉ số nén 11.2:1. Tuy nhiên, công suất tối đa đã được giảm từ 12 mã lực (kW) xuống còn 11 mã lực (kW) tại 10.000 vòng/phút, và mô-men xoắn cực đại đạt 12 Nm tại 8.000 vòng/phút. Việc giảm công suất là để phù hợp với quy định giới hạn động cơ dưới 125cc theo luật giao thông tại Nhật Bản.
Về trang bị, xe gần như không khác biệt so với phiên bản châu Âu, vẫn sử dụng đèn pha đơn kiểu Mono-Focus, kết hợp dải đèn định vị DRL LED hai bên, tạo phong cách gần giống với mẫu YZF-R7. Xe được trang bị màn hình LCD màu kích thước 5 inch hiện đại.
Về màu sắc, Yamaha YZF-R125 phiên bản 2025 tại Nhật Bản sẽ dùng bộ màu giống mẫu đàn anh YZF-R15, gồm ba tùy chọn: Dark Bluish Gray Metallic 9, Black Metallic 12 và Deep Purplish Blue Metallic C. Giá bán của xe tại Nhật Bản là 517.000 yên - khoảng 91,8 triệu đồng khi quy đổi ra tiền Việt theo tỷ giá hiện tại.